Pada awal perkembangan MAN Ende adalah sekolah PGAN (Pendidikan Guru Agama Negeri) yang didirikan pada bulan Agustus tahun 1961. dengan SK yang diterbitkan oleh departemen agama nomor 12 tahun 1960 masehi dan kepala madrasah pada waktu itu bapak Suprapto. pendidikan guru agama negeri pada waktu itu disebut dengan PGAN empat tahun yaitu mulai tahun 1961 sampai dengan 1965. setelah tahun 1965 status PGAN empat tahun tadi diubah statusnya menjadi PGAN enam tahun, itu terjadi pada tahun 1965 s/d 1979 dan adapun Kepalanya pada waktu itu Bapak Ahmad Yunus. Pada tahun 1978 yang saat itu Menteri Agama adalah Bapak Mukti Ali mengeluarkan Surat Keputusan Nomor: 17/1978 masehi bahwa PGAN enam tahun diubah lagi statusnya menjadi Madrasah Aliyah Negeri. Adapun Madrasah Aliyah Negeri (MAN) Ende mulai melaksanakan statusnya sebagai MAN pada tanggal 15 Juli 1979 sampai dengan saat ini.